با توجه به ضرورت موضوع حفاظت از محیط زیست و تنوع زیستی، صندوق ملی محیط زیست در سال ۱۳۹۳ با هدف کمک به کاهش آلاینده های محیط زیستی، جلوگیری از تخریب، بهره برداری پایدار از منابع پایه و محیط زیست و تنوع زیستی تأسیس شده است. این صندوق یک نهاد عمومی غیردولتی است که ضمن تجهیز منابع پولی از محل درآمد ناشی از گردش مالی و فعالیت های صندوق و از طریق کمک های دولتی، اشخاص(حقیقی، حقوقی)، داخلی و بین المللی فعالیت نموده و با استفاده از این منابع در زمینه پرداخت تسهیلات در راستای اهداف صندوق فعالیت می نماید.

صندوق ملی محیط زیست به عنوان مؤسسه عمومی غیردولتی وابسته به سازمان حفاظت محیط زیست دارای شخصیت حقوقی مستقل و استقلال مالی و اداری، تحت سیاست گذاری ۷ عضو وزیران بوده و مطابق مفاد اساسنامه مصوب هیأت وزیران و قوانین و مقررات ناظر بر مؤسسات و نهادهای عمومی غیردولتی فعالیت می نماید.